第十六师团由海路开往大连，重新编入日军华北方面军第二军战斗序列，后又被编入华中派遣军战斗序列。

1938年7月，中岛今朝吾升任驻扎满洲的日军第四军司令官，由藤江惠辅（中将）继任第十六师团长。

第十六师团，下辖：步兵第十九旅团，旅团长为草场辰已少将（辖步兵第九联队，联队长为片桐护郎大佐、步兵第二十联队，联队长为大野宣明大佐）。

步兵第三十旅团，旅团长为佐佐木到一一少将（辖步兵第三十三联队，联队长为野田谦吾大佐、步兵第三十八联队，联队长为助川静二大佐）。

骑兵第二十联队，联队长为笠井敏松中佐。

野炮兵第二十二联队，联队长为三国直福大佐。

工兵第十六联队，联队长为今中武义大佐。

辎重兵第十六联队，联队长为柄泽畔夫中佐。

通信队、卫生队以及第1至第4野战医院。

太平洋战争爆发后，第16师团被编入本间雅晴中将的第14军进攻菲律宾，参加了第一、第二次巴丹半岛攻坚战和镇压菲律宾各岛抗日活动的讨伐战，之后驻屯在菲律宾。

1944年夏秋，为加速太平洋战争的进程，麦克阿瑟决定率部夺取菲律宾，而日军准备在菲律宾与美军决一死战。

作为第十四军主力的第十六师团驻守在莱特岛。

10月12日，美军4个师登陆莱特岛，第16师团集中兵力死守塔克罗班机场，殊死决战。

月底，日军第一、第二十六师团和第六十八旅团等部先后增援莱特岛，并使用“神风”自杀飞机攻击美军舰船，战局一度呈胶着状态。

麦克阿瑟提出以两面夹击的方式占领奥莫克港，从背后分割日军。这一方案成功实施，日军第十六师团大部分被围歼，残部退到坎基伯特山进行游击战。

日军士兵以同伴尸体为食的情形就是发生于此。莱特岛的攻防战持续到了1944年12月，日军损失惨重。

12月15日，美军在吕宋岛附近的明德罗岛登陆。日军所规划的莱特岛决战丧失战略意义，日军大本营命令在莱特岛守军“自给自足，永久抗战”。

第十六师团残部在热带雨林中饱受饥饿、疟疾、脱水的折磨，大部在恐惧与无助中死亡，少数人组成自杀队逃进深山，直到日寇投降才放下武器……

汶剑波未卜先知地将十六师团的昨天、今日、末世叙述一番，道：“现在16师团还十分嚣张，我们必须煞煞他的锐气……”